Se ti scarichi un po' di quei SW che hai visto e provi a usarli, vedrai che tutti hanno un menu di configurazione dove vanno inseriti i parametri che dici tu.
Per lo zero ci sono i finecorsa, poi in genere puoi dire allamacchina a che coordinate inizia il pezzo da lavorare rispetto allo zero.
La domanda sull'elettronica non credo di averla capita

in genere serve una scheda che prelevando i segnali dalla parallela e che di solito sono in forma step/dir li trasformi nei segnali e nella potenza per comandare i motori...... per farla facile L297 e L298 sono una delle soluzioni
Ciao